Figlio del Duca di Milano Gian Galeazzo Visconti e di Caterina Visconti (cugina di primo grado) , fratello minore di Giovanni Maria.
Il fratello diventa Duca di Milano alla giovane età di 13 anni sotto la tutela della madre, mentre Filippo Maria diviene Conte di Pavia e quindi inviato nella cittadina.
La giovane età del Duca permette alle opposte fazioni di scontrarsi per cercare di prendere il potere , tanto che Facino Cane (condottiero del padre) nel 1404 riesce a fare imprigionare la madre e diventare Governatore di Milano.
Filippo Maria ritenuto in esilio conte di una citta di poca importanza non viene toccato dalle mire espansionistiche di Facino.
Nel 1412 abbiamo l'ascesa di Filippo Maria.
Filippo Maria fratello riceve la notizia dell'assassino del fratello il giorno stesso a Milano, insieme alla proclamazione di Estorre Visconti (uno degli assassini del fratello) a signore della città.
In poco tempo il capitano Francesco Bussone detto il Carmagnola, uno degli uomini più fidati di Facino Cane, scaccia Estorre e occupa con le sue milizie la città di Milano,
Filippo Maria si trova in una situazione drammatica, rinchiuso nel castello di Pavia, senza soldati e con le casse vuote, è il nuovo duca ma solo sulla carta, in realtà non è padrone di nulla.
Nel 1412 un violento attacco di gotta costringe Facino Cane a ritirarsi a Pavia, dove morirà pochi mesi dopo.
Il giovane Duca ne sposò la vedova, la quarantenne Beatrice da Tenda (si narra che le nozze furono volute dallo stesso Facino).
La sposa gli porta in dote non solo 400.000 fiorini, ma sopratutto le milizie del Cane, che giurarono fedeltà al nuovo signore, e di conseguenza il Visconti rientra in possesso di tutti i territori del ducato controllati dal condottiero.
Beatrice, dopo sei anni di matrimonio, accusata d'adulterio, è decapitata con il presunto amante nel castello di Binasco.
Il sedicenne Filippo sposa per ragioni di stato Maria di Savoia, la quale trascorrerà vent'anni a Milano, nell'antico palazzo dell' Arengo sola, il marito che l'ha sposata per procura lo vedrà una sola volta.
La sua fiamma è Agnese del Maino, dalla quale avrà una figlia Bianca Maria , una seconda figlia di nome Caterina, morirà dopo pochi giorni dalla nascita.
Sempre in guerra con tutti e contro tutti, giudice nella contesa lotta di successione per il Regno di Napoli, perderà definitivamente il controllo delle città di Brescia e di Bergamo, che dopo la sconfitta di Maclodio nell'ottobre del 1427, passeranno sotto il controllo della repubblica di Venezia.
Cerca un riavvicinamento con il suocero Francesco Sforza e la figlia Bianca Maria per favorire la successioni di questi al ducato ed impedire le mire espansionistiche veneziane, ma ormai dopo circa trent'anni di governo, il 13 agosto 1447, l'ultimo Visconti muore nel castello d'Abbiategrasso, ha solamente cinquantacinque anni, ma sembra un settantenne..
Dopo 217 anni dalla nascita del primo Visconti Ottone, termina il dominio di questa casata, che nel bene e nel male, fu protagonista nella storia del nostro paese.
Francesco Sforza diventa Duca di Milano a 3 anni dalla morte del Visconti, dopo un burrascoso periodo di tentate repubblica ambrosiana.